Клуб был основан 1 мая 1906 года, но через некоторое время вынужден был закрыться. Новое рождение произошло в 1919 году. Впервые в Высший Дивизион любительских чемпионатов «Чакарита» пробилась в 1924 году и пребывала в там вплоть до 1940 года, то есть выступая уже в рамках профессиональных первенств. Всего лишь год потребовался на возвращение и клуб не покидал элиту следующие 15 лет. С 1956 года команда вновь выступала во Втором Дивизионе, откуда поднялась в 1959.